內蒙古生物有機肥料是指以微生物的生命活動導致農作物得到特定的肥料效應，而使作物生長茁壯或產量增加的一類制品，其中微生物的生命活動起著關鍵作用。其跟普通有機肥的區別在于其中含有大量活性微生物。由于微生物的存在，有機肥不僅僅提高了土壤的有機質，提供給作物需要的氮磷鉀等必要養分，還能為其中的微生物生長提供溫床，微生物分解有機質不僅可以活化礦質元素，還可以產生大量的纖維素酶、脂肪酶等酶類，促成根系周邊的有機質變成多肽、氨基酸等營養或信號物質，刺激植物生長，同時微生物的群體菌落形成，還可以有效的抑制有害土壤微生物，減少病蟲害，所以生物有機肥的作用要優于普通有機肥產品。經過煙臺農科院專家的多次試驗，發現利用煙臺本地微生物群落發酵生產的生物有機肥（菌肥）對果樹的防病、抗重茬作用極為明顯，且能夠緩解生產中遇到的大小年問題。值得注意的是由于生物有機肥（菌肥）類產品含有活菌生命體，首先要注意肥料的保存條件要避免潮濕和高溫，其次在使用過程中盡量避免與傳統高濃度大化肥的混合使用，傳統大化肥對活體菌具有一定的生長抑制作用，要達到最理想的使用效果，最好在大化肥施加后隔一段時間再使用生物活性有機肥產品，或者分溝施用。