有機肥含有多種有機酸、肽類以及包括氮、磷、鉀在內的豐富的營養元素。不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分。

生物有機肥料是指以微生物的生命活動導致農作物得到特定的肥料效應，而使作物生長茁壯或產量增加的一類制品，其中微生物的生命活動起著關鍵作用。其跟普通有機肥的區別在于其中含有大量活性微生物。由于微生物的存在，有機肥不僅僅提高了土壤的有機質，提供給作物需要的氮磷鉀等必要養分，還能為其中的微生物生長提供溫床，微生物分解有機質不僅可以活化礦質元素，還可以產生大量的纖維素酶、脂肪酶等酶類，促成根系周邊的有機質變成多肽、氨基酸等營養或信號物質，刺激植物生長，同時微生物的群體菌落形成，還可以有效的抑制有害土壤微生物，減少病蟲害，所以生物有機肥的作用要優于普通有機肥產品。